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Enregistrement W4234736174 · doi:10.7287/peerj.preprints.521v1

Are improper kinetic models hampering drug development?

2014· preprint· en· W4234736174 sur OpenAlexaff
Ryan Walsh

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensCarleton University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInhibitory postsynaptic potentialMechanism (biology)Drug developmentDrugOrder (exchange)ChemistrySimple (philosophy)Computer scienceComputational biologyPharmacologyBiologyNeuroscienceEconomicsEpistemologyPhilosophy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Reproducibility of biological data is a significant problem in research today. One potential contributor to this, which has received little attention, is the over complication of enzyme kinetic inhibition models. This over complication of inhibitory models stems from the common use of the inhibitory term (1+[I]/K i ), an equilibrium binding term that does not distinguish between inhibitor binding and inhibitory effect. Since its initial appearance in the literature, around a century ago, the perceived mechanistic methods used in its production have spurred countless inhibitory equations. These equations are overly complex and are seldom compared to each other, which has destroyed their usefulness resulting in the proliferation and regulatory acceptance of simpler models such as ic50s for drug characterization. However, empirical analysis of inhibitory data recognizing the clear distinctions between inhibitor binding and inhibitory effect can produce simple logical inhibition models. In contrast to the common divergent practice of generating new inhibitory models for every inhibitory situation that presents itself, the empirical approach to inhibition modeling presented here, is broadly applicable allowing easy comparison and rational analysis of drug interactions. To demonstrate this, a simple kinetic model of DAPT, a compound which both activates and inhibits γ-secretase is examined using excel. The empirical kinetic method described here allows for a more in depth understanding of drug interactions and disease mechanism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,037
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,140
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,963
Score d'incertitude au seuil0,198

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0370,140
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,004
Communication savante0,0060,009
Science ouverte0,0050,002
Intégrité de la recherche0,0030,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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