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Enregistrement W4234884722 · doi:10.1074/jbc.m803447200

Structural and Functional Characterization of Transmembrane Segment IX of the NHE1 Isoform of the Na+/H+ Exchanger

2008· article· en· W4234884722 sur OpenAlexafffund
Tyler Reddy, Jie Ding, Xiuju Li, Brian D. Sykes, Jan K. Rainey, Larry Fliegel

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon Transport and Channel Regulation
Établissements canadiensUniversity of AlbertaDalhousie University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchDalhousie UniversityFondation pour la Recherche MédicaleNova Scotia Health Research FoundationUniversity of Alberta
Mots-clésCysteineTransmembrane domainChemistryTransmembrane proteinAmino acidIntracellularExtracellularStereochemistryCrystallographyBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Na + /H + exchanger isoform 1 (NHE1) is an integral membrane protein that regulates intracellular pH by removing one intracellular H + in exchange for one extracellular Na + . It has a large N-terminal membrane domain of 12 transmembrane segments and an intracellular C-terminal regulatory domain. We characterized the cysteine accessibility of amino acids of the putative transmembrane segment IX (residues 339–363). Each residue was mutated to cysteine in a functional cysteineless NHE1 protein. Of 25 amino acids mutated, 5 were inactive or nearly so after mutation to cysteine. Several of these showed aberrant targeting to the plasma membrane and reduced expression of the intact protein, whereas others were expressed and targeted correctly but had defective NHE1 function. Of the active mutants, Glu 346 and Ser 351 were inhibited >70% by positively charged [2-(trimethylammonium)-ethyl]methanethiosulfonate but not by anionic [2-sulfonatoethyl]methanethiosulfonate, suggesting that they are pore lining and make up part of the cation conduction pathway. Both mutants also had decreased affinity for Na + and decreased activation by intracellular protons. The structure of a peptide representing amino acids 338–365 was determined by using high resolution NMR in dodecylphosphocholine micelles. The structure contained two helical regions (amino acids Met 340 –Ser 344 and Ile 353 –Ser 359 ) kinked with a large bend angle around a pivot point at amino acid Ser 351 . The results suggest that transmembrane IX is critical with pore-lining residues and a kink at the functionally important residue Ser 351 .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,301
Score d'incertitude au seuil0,153

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2008
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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