A MOLECULAR PHYLOGENY OF THE BANGIOPHYCIDAE (RHODOPHYTA) AND THE ORIGIN OF SECONDARY PLASTIDS
Notice bibliographique
Résumé
Müller, K1, Oliveira, M. C.2, Sheath, R. G.3, Yoon, H. S.4 & Bhattacharya, D.4 1Department of Biology, University of Waterloo, Waterloo, Ontario, Canada N2L 3G1; 2Department of Botany, Institute of Biosciences, University of São Paulo, R. Matão, Travessa 14, N. 321, São Paulo, SP, Brazil, CEP 05508‐900; 3Department of Botany and Dean's Office, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada, N1G 2W1; 4Department of Biological Sciences and Interdepartmental Genetics Program, University of Iowa, Iowa City, IA 52242 USA We sequenced the nuclear small subunit ribosomal DNA coding region from 20 members of the Bangiophycidae and from two members of the Florideophycidae to gain insights into red algal evolution. A combined alignment of plastid small subunit rDNA, rbcL, and psbA sequences were also studied to complement the understanding of bangiophyte phylogeny and to address red algal secondary symbiosis. Our results are consistent with a monophyletic origin of the Florideophycidae, which form a sister‐group to the Bangiales. Bangiales monophyly is strongly supported, although Porphyra is polyphyletic within Bangia. Bangiophycidae orders such as the Porphyridiales are distributed over three independent red algal lineages. The Compsopogonales sensu stricto, consisting of two freshwater families, Compsopogonaceae and Boldiaceae, forms a well‐supported monophyletic grouping. The single taxon within the Rhodochaetales, Rhodochaete parvula, is positioned within a cluster containing members of the Erythropeltidales. Analyses of plastid sequences show that the plastids of the heterokonts are most closely related to members of the Cyanidiales and are not directly related to cryptophyte and haptophyte plastids. Different data partitions support conflicting topologies regarding the positions of the cryptophytes and haptophytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».