Comparison of Microbiota in the Upper Versus Lower Respiratory Tract in Children During Health and Respiratory Disease: a Protocol for a Systematic Review
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Several species of organisms reside in the upper airways of healthy infants and children. In most cases they do no harm to the host despite being potentially pathogenic. In contrast, the lung in healthy people was considered to be a sterile environment, but sophisticated techniques have recently demonstrated colonization by a complex population of microorganisms in healthy adults. It is unclear if a similar situation happens in healthy children. In children with respiratory disease, several micro-organisms can be recovered from the upper as well as lower respiratory tracts. However, the correlation between organisms recovered from the two sites is unclear. This systematic review is designed to explore the microbial composition of the respiratory system in apparently healthy asymptomatic children, comparing the organisms identified in the upper airways versus the lungs. We also intend to compare the site-specific prevalence and pattern of organisms in healthy children versus those with various respiratory diseases. We will also compare the organism identified in the upper airway versus the lungs in children with respiratory disease.Methods: We will search the following electronic databases: Medline, Embase and the Cochrane Library. Reference list of relevant studies will be examined for links to potential related articles. Two reviewers will independently determine study eligibility. The methodological quality of the observational included studies will be scored using the Newcastle Ottawa Scale tool for assessing risk of bias. We will extract data from included studies and perform meta-analysis where feasible.Results: The search strategy will be refined and the literature search will take place independently by two authors. Final stage will include analyses and writing.Discussion: Through the publication of this protocol, readers will be able to assess the research question and methods presented in this protocol. Upon publication of the review, readers will be able to assess whether the review was conducted according to pre-defined plan. Researchers will be aware that the review is underway, thereby avoid duplication, and be able to use it as a basis for planning similar reviews.PROSPERO registration number: CRD42020202115
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,079 | 0,099 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,006 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,022 | 0,020 |
| Bibliométrie | 0,016 | 0,014 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,005 |
| Communication savante | 0,007 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,009 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,044 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».