S′2 substrate specificity and the role of His110 and His111 in the exopeptidase activity of human cathepsin B
Notice bibliographique
Résumé
The ability of the lysosomal cysteine protease cathepsin B to function as a peptidyldipeptidase (removing C-terminal dipeptides) has been attributed to the presence of two histidine residues (His110 and His111) present in the occluding loop, an extra peptide segment located in the primed side of the active-site cleft. Whereas His111 is unpaired, His110 is present as an ion pair with Asp22 on the main body of the protease. This ion pair appears to act as a latch to hold the loop in a closed position. The exopeptidase activity of cathepsin B, examined using quenched fluorescence substrates, was shown to have a 20-fold preference for aromatic side chains in the P′3 position relative to glutamic acid as the least favourable residue. Site-directed mutagenesis demonstrated that His111 makes a positive 10-fold contribution to the exopeptidase activity, whereas His110 is critical for this action with the Asp22—His110 ion pair stabilizing the electrostatic interaction by a maximum of 13.9kJ/mol (3.3kcal/mol). These studies showed that cathepsin B is optimized to act as an exopeptidase, cleaving dipeptides from protein substrates in a successive manner, because of its relaxed specificity in P′3 and its other subsites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».