Peer Review #1 of "Phylogeny of the plant genus Pachypodium (Apocynaceae) (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Background: The genus Pachypodium contains 21 species of succulent, generally spinescent shrubs and trees found in southern Africa and Madagascar .Pachypodium has diversified mostly into arid and semi-arid habitats of Madagascar , and has been cited as an example of a plant group that links the highly diverse arid-adapted floras of Africa and Madagascar .However, a lack of knowledge about phylogenetic relationships within the genus has prevented testing of this and other hypotheses about the group.Methodology/Principal Findings: We use DNA sequence data from the nuclear ribosomal ITS and chloroplast trnL-F region for all 21 Pachypodium species to reconstruct evolutionary relationships within the genus.We compare phylogenetic results to previous taxonomic classifications and geography.Results support three infrageneric taxa from the most recent classification of Pachypodium, and suggest that a group of African species (P.namaquanum, P. succulentum and P. bispinosum) may deserve taxonomic recognition as an infrageneric taxon.However, our results do not resolve relationships among major African and Malagasy lineages of the genus.Conclusions/Significance: We present the first molecular phylogenetic analysis of Pachypodium.Our work has revealed five distinct lineages, most of which correspond to groups recognized in past taxonomic classifications.Our work also suggests that there is a complex biogeographic relationship between Pachypodium of Africa and Madagascar .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,061 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,413 | 0,238 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».