Peer Review #1 of "Differential gene expression in skeletal organic matrix proteins of scleractinian corals associated with mixed aragonite/calcite skeletons under low mMg/Ca conditions (v0.2)"
Notice bibliographique
Résumé
Although coral skeletons generally comprise aragonite crystals, changes in the molar Mg/Ca ratio (mMg/Ca) in seawater result in the incorporation of calcite crystals.The mechanism of formation of aragonite and calcite crystals in skeletons of the scleractinian coral Acropora tenuis was therefore investigated by RNA-seq analysis, using early growth stage calcite (mMg/Ca=0.5)and aragonite (mMg/Ca=5.2)-basedcorals.As a result, 1,287 genes were up-regulated and 748 down-regulated in calcite-based corals.In particular, sixty eight skeletogenesis-related genes, such as ectin, galaxin, and skeletal aspartic acidrich protein, were detected as up-regulated, and six genes, such as uncharacterized skeletal organic matrix protein 5, down-regulated, in low-Mg/Ca conditions.Since the number of down-regulated genes associated with the skeletal organic matrix of aragonite skeletons was much lower than that of up-regulated genes, it is thought that corals actively initiate construction of an aragonite skeleton by the skeletal organic matrix in low-Mg/Ca conditions.In addition, different types of skeletal organic matrix proteins, extracellular matrix proteins and calcium ion binding proteins appeared to change their expression in both calcite-formed and normal corals, suggesting that the composition of these proteins could be a key factor in the selective formation of aragonite or calcite CaCO 3 .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,052 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,408 | 0,208 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».