Morphometrics of Starch Granules from Sub-Saharan Plants and the Taxonomic Identification of Ancient Starch
Notice bibliographique
Résumé
The assumption that taxonomy can be ascertained by starch granule shape and size has persisted unchallenged since the late nineteenth and early twentieth century biochemistry. More recent work has established that granule morphological affinity is scattered throughout phylogenetic branches, morphotype proportions vary within the genus, granules from closely related genera can differ dramatically in shape, and size variations do not reflect phylogenetic relationships. This situation is confounded by polymorphism at the species and tissue level, resulting in redundancy and multiplicity.This paper classifies morphological features of starch granules from 77 species, 31 families, and 22 orders across three African ecoregions. This is the largest starch reference collection published to date, rendering the dataset uniquely well suited to explore i) the diagnostic power of unique morphometric classifiers and their frequency, ii) morphotypes that cut across taxonomic boundaries, and iii) issues surrounding the minimum counts needed to accurately reflect granule polymorphism, variability, and identification.In a collection of 23,100 granules, taxonomic identification occurred very rarely. In the instances it did, it was at the species level, with no occurrences of a single morphotype or complement identifying all species within a family or genus. Some families cannot be uniquely identified, and morphometric types are shared despite taxonomic distance for three quarters of the taxa. However, this reference collection boasts 98 unique identifiers located in the Arecaceae, Convolvulaceae, Cyperaceae, Dioscoreaceae, Fabaceae, Musaceae, Pedaliaceae, Poaceae, and Zamiaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».