Detection and Characterization of Carbapenem resistant Gram-negative bacilli isolates recovered from hospitalized patients at Soba University Hospital, Sudan
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background:Antimicrobial resistance (AMR) poses a threat to global health security. Whilst over the past decade, there has been an increase in reports of nosocomial infections globally caused by carbapenem resistant Gram-negative bacilli (GNB), data from Africa have been scanty. We performed a study of carbapenem resistance genes among GNB isolated from patients treated in hospitals in Khartoum state, Sudan.Methods:A cross-sectional study was conducted at Soba University Hospital (SUH) and Institute of Endemic Diseases, University of Khartoum for the period October 2016 to February 2017. A total of 206 GNB isolates from different clinical specimens were analyzed for carbapenem resistance genes using phenotypic tests and affirmed by genes detection. Multiplex PCR was performed for each strain to detect the carbapenemase genes, including the blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaKPC, and blaOXA-48. In addition to blaCTXM, blaTEM and blaSHV. DNA sequencing and bioinformatics analysis were used to detect genes subtypes.Findings:Of 206 isolates, 171 (83%) were confirmed resistant phenotypically and 121 (58.7%) isolates were positive for the presence of one or more carbapenemase gene. New Delhi metallo-β-lactamase (NDM) types were the most predominant genes, blaNDM 107(88.4%). Others included blaIMP 7 (5.7%), blaOXA-48 5(4.1%), blaVIM 2 (1.6%) and blaKPC 0 (0%). Co- resistance genes with NDM producing GNB were detected in 87 (81.3%) of all blaNDM positive isolates. A significant association between phenotypic and genotypic resistance was observed (P- value < 0.001). NDM-1 was the most sub type was observed in 75 isolates (70 %), other subtypes were NDM- 5 and NDM-6. Infections due to Carbapenem resistant GNB are increasing at SUH, with the blaNDM being the prevalent genes among clinical isolates and belong to the Indian lineage.Conclusions:The frequency of carbapenemase producing bacilli was found to be improperly high in Khartoum hospitals. NDM was found to be the most prevalent carbapenemase gene among clinical isolates. Close surveillance across all hospitals in Sudan is required. The relative distribution of Carbapenemase genes among GNB in nosocomial infections in Africa needs to be defined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».