Abstract P5-18-10: BHLHE40-AS1 is an enhancer associated long noncoding RNA critical to breast cancer progression
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Increased emphasis on breast cancer screening has led to a dramatic increase in diagnosis of ductal carcinoma in situ (DCIS). DCIS lesions are nonobligate precursors of invasive ductal carcinoma (IDC) and thus, the current standard-of-care is aggressive therapy to prevent invasive and metastatic disease. However, only ˜40% of DCIS cases are predicted to progress leading to a current state of overtreatment and overdiagnosis. Thus, there is a critical need to identify functional determinants of progression of DCIS to IDC to allow discrimination between indolent and aggressive breast cancers and refine patient treatment strategies.We propose that long noncoding RNAs (lncRNAs) functionally drive breast cancer progression and their expression can discriminate between innocuous and potentially invasive DCIS. Using biopsies from women with tandem DCIS and IDC lesions, we identified 35 lncRNAs whose expression can distinguish between pre-invasive and invasive disease. From this candidate list, the lncRNA BHLHE40-AS1 is found enriched in multiple breast cancer progression models, in HER2+ cell lines, and HER2+ patient tumors. Functionally, BHLHE40-AS1 is found to support tumor cell cycle and motility and may serve as a clinically relevant biomarker and therapeutic target in invasive breast cancer. Further, BHLHE40-AS1 is expressed from a known super-enhancer that preliminary evidence suggests undergoes altered chromatin looping during breast cancer progression. Interestingly, over half of the candidate lncRNAs are associated with enhancer regions. Current studies are investigating super-enhancers, and associated lncRNAs that become acquired during breast cancer progression. Citation Format: DeVaux RS, Schimjawicz H, Coarfa C, Behbod F, Herschkowitz JI. BHLHE40-AS1 is an enhancer associated long noncoding RNA critical to breast cancer progression [abstract]. In: Proceedings of the 2018 San Antonio Breast Cancer Symposium; 2018 Dec 4-8; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2019;79(4 Suppl):Abstract nr P5-18-10.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».