Optimization of extraction of genomic DNA from archived dried blood spot (DBS): potential application in epidemiological research & bio banking
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
<ns4:p> <ns4:bold>Background:</ns4:bold> Limited infrastructure is available to collect, store and transport venous blood in field epidemiological studies. Dried blood spot (DBS) is a robust potential alternative sample source for epidemiological studies & bio banking. A stable source of genomic DNA (gDNA) is required for long term storage in bio bank for its downstream applications. Our objective is to optimize the methods of gDNA extraction from stored DBS and with the aim of revealing its utility in large scale epidemiological studies. </ns4:p> <ns4:p> <ns4:bold>Methods:</ns4:bold> The purpose of this study was to extract the maximum amount of gDNA from DBS on Whatman 903 protein saver card. gDNA was extracted through column (Qiagen) & magnetic bead based (Invitrogen) methods. Quantification of extracted gDNA was performed with a spectrophotometer, fluorometer, and integrity analyzed by agarose gel electrophoresis. </ns4:p> <ns4:p> <ns4:bold>Result:</ns4:bold> Large variation was observed in quantity & purity (260/280 ratio, 1.8-2.9) of the extracted gDNA. The intact gDNA bands on the electrophoresis gel reflect the robustness of DBS for gDNA even after prolonged storage time. The extracted gDNA amount 2.16 – 24 ng/µl is sufficient for its PCR based downstream application, but unfortunately it can’t be used for whole genome sequencing or genotyping from extracted gDNA. Sequencing or genotyping can be achieved by after increasing template copy number through whole genome amplification of extracted gDNA. The obtained results create a base for future research to develop high-throughput research and extraction methods from blood samples. </ns4:p> <ns4:p> <ns4:bold>Conclusion:</ns4:bold> The above results reveal, DBS can be utilized as a potential and robust sample source for bio banking in field epidemiological studies. </ns4:p>
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle