Peer Review #3 of "T1000: a reduced gene set prioritized for toxicogenomic studies (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
There is growing interest within regulatory agencies and toxicological research communities to develop, test, and apply new approaches, such as toxicogenomics, to more efficiently evaluate chemical hazards.Given the complexity of analyzing thousands of genes simultaneously, there is a need to identify reduced gene sets.Though several gene sets have been defined for toxicological applications, few of these were purposefully derived using toxicogenomics data.Here, we developed and applied a systematic approach to identify 1000 genes (called Toxicogenomics-1000 or T1000) highly responsive to chemical exposures.First, a co-expression network of 11,210 genes was built by leveraging microarray data from the Open TG-GATEs program.This network was then reweighted based on prior knowledge of their biological (KEGG, MSigDB) and toxicological (CTD) relevance.Finally, weighted correlation network analysis was applied to identify 258 gene clusters.T1000 was defined by selecting genes from each cluster that were most associated with outcome measures.For model evaluation, we compared the performance of T1000 to that of other gene sets (L1000, S1500, Genes selected by Limma, and random set) using two external datasets based on the rat model.Additionally, a smaller (T384) and a larger version (T1500) of T1000 were used for dose-response modeling to test the effect of gene set size.Our findings demonstrated that the T1000 gene set is predictive of apical outcomes across a range of conditions (e.g., in vitro and in vivo, dose-response, multiple species, tissues, and chemicals), and generally performs as well, or better than other gene sets available.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,073 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,375 | 0,196 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».