Notice bibliographique
Résumé
Abstract 2,3‐Dihydroxybiphenyl 1,2‐dioxygenase (DHBD) is an Fe2+‐dependent extradiol dioxygenase. DHBD catalyzes the extradiol cleavage of 2,3‐dihydroxybiphenyl (DHB) to 2‐hydroxy‐6‐oxo‐6‐phenylhexa‐2,4‐dienoate (HOPDA) incorporating both atoms of dioxygen into the product HOPDA. DHBDs are found in a range of Gram‐negative and Gram‐positive bacteria that aerobically assimilate biphenyl. Amino acid sequences are available for over 50 bacterial extradiol dioxygenases that are evolutionarily related to DHBDs (i.e. type I enzymes); all are involved in the degradation of aromatic compounds. The type I bacterial enzymes may have large (∼33 kDa) or small (∼21 kDa) monomers. DHBD catalyzes the third reaction of the upperbphpathway, which catabolizes biphenyl to benzoate and 2‐hydroxypentadienoate. This pathway also transforms some polychlorinated biphenyls (PCBs). DHBDs can be best expressed heterologously in pseudomonads likeBurkholderiasp. strain LB400 orPseudomonassp. strain KKS102. Mössbauer and EPR spectroscopies demonstrated the presence of high spin Fe2+in purified active preparations ofPseudomonas putidamt‐2 (C23O). High‐resolution crystal structures of the active ferrous form of DHBD fromBurkholderiasp. strain LB400 andPseudomonassp. strain KKS102 were determined. These octameric DHBDs have 422 point group symmetry. The monomer has an α + ß fold that may be subdivided into superimposable barrel‐like N‐ and C‐terminal half‐molecules. The active site Fe and the substrate binding sites are located in the cavity of the C‐terminal half. The ferrous Fe is bound by five ligands in square pyramidal geometry. The axial ligand is a conserved histidine, and the basal ligands are a second conserved histidine, a conserved monodentate glutamic acid, and two water molecules. X‐ray structures of DHBD in complex with DHB and 3‐methyl catechol are known for both the ferric and ferrous forms. Spectroscopic, mechanistic, and X‐ray structural studies were used to elaborate a plausible reaction mechanism for DHBDs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».