Innovations to Address Complex Challenges: 22<sup>nd</sup> Annual Canadian Conference on HIV/AIDS Research
Notice bibliographique
Résumé
An estimated 2.7 million people are newly infected by HIV-1 every year.For every 2 persons starting treatment, 5 become newly infected.A safe and effective preventative HIV-1 vaccine is the only way to stop the new infections and control the pandemic.The protease of HIV-1 is a small 99-amino acid aspartic enzyme that mediates the cleavage of Gag, Gag-Pol and Nef precursor polyproteins.The process is highly specific, temporally regulated and essential for the production of infectious viral particles.A total of twelve proteolytic reactions are required to generate a viable virion.Therefore, a vaccine targeting the 12 protease cleavage sites of HIV-1 could be effective.Since the protease cleavage sites of HIV-1 are highly conserved among major subtypes of HIV-1, direct immune responses against these cleavage sites would yield two major advantages.First, the host immune response could destroy the virus before its permanent establishment in the host.Second, the vaccine could force the virus to accumulate mutations eliminating the normal function of the HIV protease thus eliminating viable virions.We have conducted a proof of concept study to investigate the feasibility and effectiveness of this approach.The recombinant VSV-peptides were used to immunize cynomolgus macaques and nanopackaged peptides were used to boost the immune response to the peptides overlapping the 12 protease cleavage sites of SIVmac239.The immunized macaques and controls were cumulatively challenged intrarectally with increased dosage of SIVmac239.Results showed that antibody and T cell responses to the 12 protease cleavage site can protect macaques against higher dosage of SIVmac239 challenge (p=0.005,R=0.42) and the vaccine group maintains significantly higher CD4 + counts (p=0.0002)than the controls weeks after being infected.Viral sequence analysis detected extensive mutations in the PCS and the flanking region.The break-through viruses of the vaccine group have higher mutation rate in PCS regions than that of the control group.The extensive mutations at/around PCS sequences correlated with lower viral load (P<0.0001).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,010 | 0,011 |
| Communication savante | 0,018 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,009 |
| Intégrité de la recherche | 0,010 | 0,016 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,031 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».