Notice bibliographique
Résumé
Phagocytosis is a part of immune response. IgG opsonized particles of greater than 1 um are recognized by Fcy receptors on the surface of professional phagocytes such as macrophages and neutrphils. IgGs are part of the immune system and is a cognate ligand of the Fc receptor. Live Cell Affinity Receptor chromatography (LARC) was used to capture an activated Fcy receptor supramolecular complex from the surface of live human neutrophils, by allowing IgG opsonized microbeads to bind to the cell surface. The cells were burst in PBS, collected and digested along side with controls. Isolated FcyR complex was analysed by LC-MS/MS. Fc and control experiment lists of SEQUEST correlated proteins were screened for a total cumulative score of at least 2400 and a minimum of three different peptides. This served as the basis of protein involvement in the FcyR mediated phagocytosis, which were then searched with iHOP for their interaction partners. Gathered interactions were then exported and Cytoscape, Osprey and String algorithms were used to generate network of interacting proteins. PAKs2-4 and PAK6 were detected with LARC. PAK2 and PAK4 were predicted by algorithms to have a central role in particle uptake. From Western Blotting, endogenous PAKs2-4 and PAK6 were detected in murine macrophages. Immunofluorescent staining was then used to verify the presence of these proteins in the forming phagosome and showed localization of PAKs to the phagosome. The same effect was observed with transfection of GFP constructs of PAKs. Upon transfection with dominant negative PAKs reduction in phagocytosis was observed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».