Peer Review #2 of "Proliferation of group II introns in the chloroplast genome of the green alga Oedocladium carolinianum (Chlorophyceae) (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Background.The chloroplast genome sustained extensive changes in architecture during the evolution of the Chlorophyceae, a morphologically and ecologically diverse class of green algae belonging to the Chlorophyta; however, the forces driving these changes are poorly understood.The five orders recognized in the Chlorophyceae form two major clades: the CS clade consisting of the Chlamydomonadales and Sphaeropleales, and the OCC clade consisting of the Oedogoniales, Chaetophorales, and Chaetopeltidales.In the OCC clade, considerable variations in chloroplast DNA (cpDNA) structure, size, gene order, and intron content have been observed.The large inverted repeat (IR), an ancestral feature characteristic of most green plants, is present in Oedogonium cardiacum (Oedogoniales) but is lacking in the examined members of the Chaetophorales and Chaetopeltidales.Remarkably, the Oedogonium 35.5-kbIR houses genes that were putatively acquired through horizontal DNA transfer.To better understand the dynamics of chloroplast genome evolution in the Oedogoniales, we analyzed the cpDNA of a second representative of this order, Oedocladium carolinianum. Methods.The Oedocladium cpDNA was sequenced and annotated.The evolutionary distances separating Oedocladium and Oedogonium cpDNAs and two other pairs of chlorophycean cpDNAs were estimated using a 61-gene data set.Phylogenetic analysis of an alignment of group IIA introns from members of the OCC clade was performed.Secondary structures and insertion sites of oedogonialean group IIA introns were analyzed.Results.The 204,438-bp Oedocladium genome is 7.9 kb larger than the Oedogonium genome, but its repertoire of conserved genes is remarkably similar and gene order differs by only one reversal.Although the 23.7-kb IR is missing the putative foreign genes found in Oedogonium, it contains sequences coding for a putative phage or bacterial DNA primase and a hypothetical protein.Intergenic sequences are 1.5fold longer and dispersed repeats are more abundant, but a smaller fraction of the Oedocladium genome is occupied by introns.Six additional group II introns are present, five of which lack ORFs and carry highly similar sequences to that of the ORF-less IIA intron shared with Oedogonium.Secondary structure analysis of the group IIA introns disclosed marked differences in the exon-binding sites; however, each intron showed perfect or nearly perfect base pairing interactions with its target site.Discussion.Our results suggest that chloroplast genes rearrange more slowly in the Oedogoniales than in the Chaetophorales and raise questions as to what was the nature of the foreign coding sequences in the IR of the common ancestor of the Oedogoniales.They provide the first evidence for intragenomic proliferation of group IIA introns in the Viridiplantae, revealing that intron spread in the Oedocladium lineage likely occurred by retrohoming after sequence divergence of the exon-binding sites.
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Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,214 | 0,132 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».