Identification and characterization of novel genes involved in DNA double strand break repair process in the yeast Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
DNA Double Strand Break (DSB) is the most severe form of DNA lesion.Unrepaired DSBs and/or mutations in key DSB repair genes can lead to genomic instability, cancer or even cell death.DSBs can be repaired by two independent pathways; Homologous Recombination (HR) and Non-Homologous End Joining (NHEJ).Both pathways are highly conserved from yeast to human.HR requires a homologous region to repair the damage but in NHEJ, the break ends are ligated directly.In Saccharomyces cerevisiae, the key protein complexes of the NHEJ pathway are: Yku70p/Yku80p (YKU), which binds to DNA and initiates the process and stabilizes the broken ends, Mre11p/Rad50p/Xrs2p (MRX), which brings broken ends close together and Dnl4p/Lif1p/Nej1p, which have ligase activities.In this thesis, we aimed to identify novel proteins that influence the NHEJ process in yeast.To this end we performed a combination of high-throughput as well as lowthroughput assays, and followed-up by verifying some of the findings.The initial largescale plasmid repair screening that we performed revealed approximately 60 novel genes that might involve in the NHEJ process.Among these genes, PPH3/PSY2, HUR1, To my incredible supervisor, Dr. Ashkan Golshani, thank you for giving me the opportunity to work in your laboratory.Thank you for your support and guidance and mentorship.But mostly thanks for being such a great and understanding person.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».