Peer Review #1 of "Deep conservation of prion-like composition in the eukaryotic prion-former Pub1/Tia1 family and its relatives (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Pub1 protein is an important RNA-binding protein functional in stress granule assembly in budding yeast S. cerevisiae and, as its co-ortholog Tia1, in humans.It is unique among proteins in evidencing prion-like aggregation in both its yeast and human forms.Previously, we noted that Pub1/Tia1 was the only protein linked to human disease that has prion-like character and and has demonstrated such aggregation in both species.Thus, we were motivated to probe further into the evolution of the Pub1/Tia1 family (and its close relative Nam8 and its orthologs) to gain a picture of how such a protein has evolved over deep evolutionary time since the last common ancestor of eukaryotes.Here, we discover that the prion-like composition of this protein family is deeply conserved across eukaryotes, as is the prion-like composition of its close relative Nam8/Ngr1.A sizeable minority of protein orthologs have multiple prion-like domains within their sequences (6-20% depending on criteria).The number of RNA-binding RRM domains is conserved at three copies over >86% of the Pub1 family (>71% of the Nam8 family), but proteins with just one or two RRM domains occur frequently in some clades, indicating that these are not due to annotation errors.Overall, our results indicate that a basic scaffold comprising three RNA-binding domains and at least one prion-like region has been largely conserved since the last common ancestor of eukaryotes, providing further evidence that prion-like aggregation may be a very ancient and conserved phenomenon for certain specific proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,100 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,002 |
| Communication savante | 0,008 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,296 | 0,242 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».