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Enregistrement W4239970592 · doi:10.1007/s11568-009-9085-6

Chemical genomics and molecular medicine

2008· article· en· W4239970592 sur OpenAlexaff
Tarun Chopra, Debasisa Mohanty, Rajesh S. Gokhale, Michaël Prakesch, A. Yu. Denisov, Maha Naim, Anna Borodovsky, Angela N. Koehler, Jay Duffner, Stuart L. Schreiber, G C Shore, Kalle Gehring, P. Arya, Foster C. Gonsalves, Ramanuj DasGupta

Notice bibliographique

RevueGenomic Medicine · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBiotechnology and Related Fields
Établissements canadiensBiotechnology Research InstituteMcGill UniversityOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenomicsGenomic medicineComputational biologyMedicineBiologyGeneticsGenomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is the etiologic agent of tuberculosis and infects *32% of the human population.The cell envelope of mycobacteria is endowed with a number of unique lipids that play an important role in its virulence.Large multifunctional proteins called polyketide synthases (PKSs) catalyze the biosynthesis of these lipids.PKSs are generally involved in the synthesis of secondary metabolites in various organisms and their role in biosynthesis of virulence factors is unprecedented.PKSs require proteins called fatty acyl AMP ligases for the activation and utilization of fatty acid substrates.PKS12 is the largest open reading frame in the Mtb genome and contains at least twelve different catalytic sites on a single protein.Our systematic investigation of PKS12 protein revealed formation of a novel supramolecular assembly that catalyzes biosynthesis of a mycobacterial phospholipid antigen.Clearly, the lipid repertoire of mycobacteria necessitates a coordinated network of various biosynthetic enzymes.Insights into these molecular events provide an opportunity to develop inhibitors that would simultaneously disrupt several pathways in lipid metabolism.Due to overlapping substrate specificities and cofactor requirements of various enzymes involved in lipid biosynthesis, directed synthesis of chemical compounds targeting multiple pathways could provide new avenues for drug discovery.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,084

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0250,016

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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