Peer Review #2 of "Feeding behaviour of Caenorhabditis elegans is an indicator of Pseudomonas aeruginosa PAO1 virulence (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Feeding behaviour of Caenorhabditis elegans is an indicator of Pseudomonas aeruginosa PAO1 virulenceCaenorhabditis elegans is commonly used as an infection model for pathogenesis studies in Pseudomonas aeruginosa.The standard virulence assays rely on the slow and fast killing or paralysis of nematodes but here we developed a behaviour assay to monitor the preferred bacterial food sources of C. elegans.We monitored the food preferences of nematodes fed the wild type PAO1 and mutants in the type III secretion (T3S) system, which is a conserved mechanism to inject secreted effectors into the host cell cytosol.A ΔexsEΔpscD mutant defective for type III secretion served as a preferred food source, while an ΔexsE mutant that overexpresses the T3S effectors was avoided.Both food sources were ingested and observed in the gastrointestinal tract.Using the slow killing assay, we showed that the ΔexsEΔpscD had reduced virulence and thus confirmed that preferred food sources are less virulent than the wild type.Next we developed a high throughput feeding behaviour assay with 48 possible food colonies in order to screen a transposon mutant library and identify potential virulence genes.C. elegans identified and consumed preferred food colonies from a grid of 48 choices.The mutants identified as preferred food sources included known virulence genes, as well as novel genes not identified in previous C. elegans infection studies.Slow killing assays were performed and confirmed that several preferred food sources also showed reduced virulence.We propose that C. elegans feeding behaviour can be used as a sensitive indicator of virulence for P. aeruginosa PAO1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,053 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,009 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,485 | 0,325 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».