Understanding the Genetics and Evolution of Antimicrobial Resistance in Escherichia Coli
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial resistance (AMR) has emerged as a global public health challenge.The central goals of my PhD research are to better understand AMR evolution, with the longterm goal of developing novel strategies to mitigate the problem of AMR.This involves gaining comprehensive insights into the evolutionary trajectories of resistance evolution, investigation of the availability of resistance mutations and their pleiotropic consequences, and identification of genetic targets for the prevention/slowing of resistance evolution.In a systematic study, I have investigated the effects of different chromosomal quinolone resistance mutations, and the pleiotropic effects of such mutations in Escherichia coli.I identified 50 spontaneous resistance mutants on nalidixic acid, ciprofloxacin, and levofloxacin, with mutations in regions of gyrA, gyrB, and marR, which are known contributors of resistance in quinolones.Resistant isolates had increased resistance levels, widespread cross-resistance to other quinolones, and overall significant costs of resistance in the absence of antibiotic.To investigate novel strategies to combat AMR, I carried out a small RNA screen on a quinolone resistant gyrA background, to identify alternative drug targets.This screen led to the identification of 30 genes whose knockdown reduced the level of gyrase-mediated quinolone resistance in E. coli.Finally, to gain understanding of the network of genes contributing to intrinsic and phenotypic resistance, I have studied E. coli's two-component signal transduction systems (TCS).TCSs are involved in bacterial responses to many stresses, including iii antibiotics.I examined interactions between antibiotic stress and other environmental stressors in a set of eight TCS mutants.Mutants showed different types of responses to antibiotics and stressor+antibiotic combinations.In this research, I have used novel approaches to understand bacterial resistance evolution and to combat AMR.On an applied level, these studies have implications for public health strategies.This research can help lead to better selection of appropriate antibiotics, alternative drug targets involved in resistance, and has prospects for development of new therapeutic approaches for combating AMR.Alex Wong, for introducing an inexperienced PhD student to the fascinating world of bacterial evolution and genetics.I am always amazed and constantly inspired to see your critical thinking, scientific abilities, wisdom, and compassion.Thank you, for providing me this opportunity to pursue my research.Through your kind, patient and supportive supervision, today I am a better researcher with broader perspectives and overall a new evolved version of myself.It was my great honour to pursue a PhD degree under your supervision, and an incredible journey that I will proudly remember.I would like to
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».