Peer Review #2 of "Sequencing at sea: challenges and experiences in Ion Torrent PGM sequencing during the 2013 Southern Line Islands Research Expedition (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Sequencing at sea: Challenges and experiences in Ion Torrent PGM sequencing during the 2013 Southern Line Islands Research ExpeditionGenomics and metagenomics have revolutionized our understanding of marine microbial ecology and the importance of microbes in global geochemical cycles.However, the process of DNA sequencing has always been an abstract extension of the research expedition, completed once the samples were returned to the laboratory.During the 2013 Southern Line Islands Research Expedition, we started the first effort to bring next generation sequencing to some of the most remote locations on our planet.We successfully sequenced twenty six marine microbial genomes, and two marine microbial metagenomes using the Ion Torrent PGM platform on the Merchant Yacht Hanse Explorer.Onboard sequence assembly, annotation, and analysis enabled us to investigate the role of the microbes in the coral reef ecology of these islands and atolls.This analysis identified phospohonate as an important phosphorous source for microbes growing in the Line Islands and reinforced the importance of L-serine in marine microbial ecosystems.Sequencing in the field allowed us to propose hypotheses and conduct experiments and further sampling based on the sequences generated.By eliminating the delay between sampling and sequencing, we enhanced the productivity of the research expedition.By overcoming the hurdles associated with sequencing on a boat in the middle of the Pacific Ocean we proved the flexibility of the sequencing, annotation, and analysis pipelines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Autre Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Commentaire Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,024 | 0,136 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,003 |
| Communication savante | 0,010 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,111 | 0,086 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».