Abstract 3400: Recurrent focal copy-number changes and loss-of-heterozygosity implicate two non-coding RNAs and one tumor-suppressor gene at chromosome 3q13.31 in osteosarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Osteosarcomas are copy-number alteration (CNA)-rich malignant bone tumors. Using microarrays, fluorescence in-situ hybridization and quantitative polymerase chain reaction we characterize a focal region of chr3q13.31 (osteo3q13.31) harboring CNAs in 80% of osteosarcomas. As such, osteo3q13.31 is the most altered region in osteosarcoma and contests the view that CNAs in osteosarcoma are non-recurrent. Most (67%) osteo3q13.31 CNAs are deletions, 75% of which are mono-allelic, and are frequently accompanied by loss-of-heterozygosity (LOH) in flanking DNA. These CNAs often involve the non-coding RNAs (ncRNAs) LOC285194 and BC040587, and sometimes, the limbic system-associated membrane protein (LSAMP) tumor suppressor (TS). Change in expression of osteo3q13.31 genes is ubiquitous in osteosarcoma, usually involving loss of expression. Underscoring the functional significance of osteo3q13.31 CNAs, expression of LOC285194 and BC040587 and sometimes LSAMP, correlates with the presence of osteo3q13.31 CNAs. Focal osteo3q13.31 CNAs and LOH are also common in cell lines from other cancers, identifying osteo3q13.31 as a universal candidate TS region. Osteo3q13.31 genes may function as a unit, since we demonstrate significant correlation between the expression of distantly spaced LSAMP, LOC285194, and BC040587. Supporting this notion, depletion of either LSAMP or LOC285194 promotes proliferation of normal osteoblasts through regulation of apoptotic and cell cycle transcripts, and vascular endothelial growth factor (VEGF)/VEGF receptor 1 (VEGFR1). Furthermore, the presence of LOC285194 or BC040587 deletions in tumor DNA is associated with poor survival of osteosarcoma patients. Osteo3q13.31 therefore represents a novel universal TS region containing several cooperatively acting genes. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 3400.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».