A new primer for metabarcoding of spider gut contents
Notice bibliographique
Résumé
As a key predator group, spiders have received a lot of attention by food web ecologists in diverse fields such as pest control, pollutant transfers, and cross-ecosystem fluxes. The difficulty involved in studying their diet has led to the use of new technologies such as metabarcoding of gut contents. The amplification of a broad range of spider prey without amplifying spiders themselves is challenging and, until now, an efficient universal primer purposed for this has not existed. We developed a novel forward primer (NoSpi2) targeting the cytochrome c oxidase subunit I gene. The primer was designed not to amplify spiders of the oval calamistrum clade (Lycosidae and closely related species) while still amplifying most other invertebrates. NoSpi2 was tested together with the reverse primer BR2 in silico, in vitro on single specimens of prey and spiders, on mock and malaise trap communities, and in an ecological application. In silico evaluation predicted high primer bias for spiders of the oval calamistrum clade and low bias for all other invertebrates. These results were largely confirmed by in vitro tests. Additionally, some spider families were not amplified contrary to our expectations. We demonstrated a high efficiency for the primer pair NoSpi2/BR2 which recovered up to 94% of taxa in the mock community and 85% of the taxa detected by the best invertebrate primer pair known (BF3+BR2) for the malaise trap community. The field experiment showed that Lycosidae spider DNA is not amplified by the NoSpi2 primer set. It also demonstrated a broad range of detectable prey species. We found prey from 12 orders, 67 families and 117 species. The ability of the NoSpi2/BR2 primer combination to reliably amplify prey species, without amplifying any predator reads, makes it an ideal choice for gut-content analysis for spider species of lycosids and closely related species, even enabling the homogenization of entire spider specimens without dissection. Given that the detected prey species included other spiders and carabid beetles, this primer could be used for not only diet and biological control studies, but also to study intra-guild predation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».