Peer Review #3 of "The impact of chemerin or chemokine-like receptor 1 loss on the mouse gut microbiome (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Chemerin is an adipocyte derived signalling molecule (adipokine) that serves as a ligand activator of Chemokine-like receptor 1(CMKLR1).Chemerin/CMKLR1 signalling is well established to regulate fundamental processes in metabolism and inflammation.The composition and function of gut microbiota has also been shown to impact the development of metabolic and inflammatory diseases such as obesity, diabetes and inflammatory bowel disease.In this study, we assessed the microbiome composition of fecal samples isolated from wildtype, chemerin, or CMKLR1 knockout mice using Illuminabased sequencing.Moreover, the knockout mice and respective wildtype mice used in this study were housed at different universities allowing us to compare facility-dependent effects on microbiome composition.While there was no difference in alpha diversity within samples when compared by either facility or genotype, we observed a dramatic difference in the presence and abundance of numerous taxa between facilities.There were minor differences in bacterial abundance between wildtype and chemerin knockout mice, but significantly more differences in taxa abundance between wildtype and CMKLR1 knockout mice.Specifically, CMKLR1 knockout mice exhibited decreased abundance of Akkermansia and Prevotella, which correlated with body weight in CMKLR1 knockout, but not wildtype mice.This is the first study to investigate a linkage between chemerin/CMKLR1 signaling and microbiome composition.The results of our study suggest that chemerin/CMKLR1 signaling influences metabolic processes through effects on the gut microbiome.Furthermore, the dramatic difference in microbiome composition between facilities might contribute to discrepancies in the metabolic phenotype of CMKLR1 knockout mice reported by independent groups.Considered altogether, these findings establish a foundation for future studies to investigate the relationship between chemerin signaling and the gut microbiome on the development and progression of metabolic and inflammatory disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,407 | 0,225 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».