Volumetric Characterization of Tri-<i>N</i>-acetylglucosamine Binding to Lysozyme
Notice bibliographique
Résumé
Volumetric characteristics of protein recognition events determine the direction of pressure-induced shifts in the recognition reaction, while also providing insights into the structural, dynamic, and hydration changes. We report changes in volume, Δ V, and adiabatic compressibility, Δ K S, accompanying the binding of tri- N -acetylglucosamine [(GlcNAc) 3 ] to lysozyme at 25 °C in a pH 5.5 sodium acetate buffer. We interpret our measured changes in volume and compressibility in terms of changes in hydration and dynamic properties of the protein. On the basis of our Δ V data, we find that 79 ± 44 water molecules are released to the bulk from the hydration shells of the protein and the ligand. Our Δ K S data suggest a 4 ± 2% decrease in the mean-square fluctuations of the intrinsic volume of the protein, ⟨δ V M 2 ⟩ (or a 2% decrease in δ V M ). Thus, the trisaccharide-bound state of the enzyme is less hydrated, more rigid, and less dynamic compared to the unbound state. In general, we discuss the importance of volumetric insights into the molecular origins of protein recognition events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».