Monte Carlo-minimized energy profile of estradiol in the ligand-binding tunnel of 17β-hydroxysteroid dehydrogenase: Atomic mechanisms of steroid recognition
Notice bibliographique
Résumé
17β-Estradiol (E2) is a potent stimulator of certain forms of breast cancer. The final step of E2 biosynthesis is catalyzed by the estrogenic 17β-hydroxysteroid dehydrogenase (17β-HSD1), which is an important target for anticancer drugs. X-ray crystallography indicated that the binding site for the steroids has a tunnel-like shape. We have used a Monte Carlo–Minimization (MCM) protocol to explore possibilities of interactions of E2 with the binding site tunnel of 17β-HSD1. The enzyme was represented by flexible residues having at least one atom within 6 Å from either E2 or NADP (as seen in a crystal ternary complex) and by rigid residues having at least one atom within 10 Å from E2 or NADP. Special constraints were used to pull the substrate 10 Å along the tunnel with 1 Å step; the complex was MCM-optimized at each position of the steroid. The optimal binding mode of E2 in 17β-HSD agrees with the crystallographic data; however, wide and flat minima of the MCM profile suggest alternative modes of the steroid binding. The advance of the steroid along the tunnel is accompanied by essential conformational rearrangements of the enzyme side chains, noticeable rotation of the substrate along its longitudinal axis, and certain conformational deformations of the substrate. The contributions of the enzyme residues and of the steroid atoms to the intermolecular energy were estimated. Proteins 2000;38:414–427. © 2000 Wiley-Liss, Inc.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».