Ammi Canada – Cacmid Annual Conference
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile (CD) is responsible for the majority of antibioticassociated infections acquired at hospitals.Infected patients frequently shed CD spores into the environment, making it a major transmission factor and essential to its ability to cause outbreaks.Using high-resolution typing techniques (MMLVA), we found that strains isolated during outbreaks consisted of a main strain ('outbreak', with multiple identical isolates) and several sporadic strains.The outbreak strain was commonly of NAP1 type.Previous research focused on identifying markers of a 'hypervirulent' phenotype.However, because NAP1 strains are highly variable, we sought to determine markers of an 'outbreak' strains.Outbreak and sporadic strains from eight outbreaks were cultured until sporulation had occurred.Vegetative cells morphology and sporulation rates were documented by microscopy, while germination dynamics were estimated using Terbium fluorescence assay.No statistically significant difference in morphology, sporulation and germination of outbreak and non-outbreak strains was identified.Thus, we assessed other characteristics which might promote transmissibility of CD strains, such as spore adhesion and surface features as resolved by electron microscopy.Our data indicate that CD exosporium or spore crust can be responsible for adhesion of the spore to surfaces and its persistence in a hospital environment.Further studies of strains with mutated genes responsible for these features of CD spores should identify roles of these spore's components and assist with development of diagnostic tests to differentiate strains capable causing outbreaks from sporadic strains and develop effective measures of infection control to prevent transmission of this very important hospital-associated pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,425 | 0,131 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».