Monitoring biofilm Co2 production in response to antibiotic exposures
Notice bibliographique
Résumé
Bacteria commonly exist in nature as biofilms which help protect them from harsh environmental conditions, thus increasing their ability to adapt and survive. In clinical settings antibiotic treatments based on planktonic susceptibility tests are ineffective against biofilm infections, as biofilms can withstand much higher antibiotic concentrations. To further elucidate biofilm behaviour, multispecies and pure culture biofilms were grown in a CO2 evolution measurement system (CEMS) that tracks whole-biofilm CO2 production non-destructively and in real-time. In addition, metagenomic analysis was performed on multispecies cultures to monitor community dynamics and the intrinsic potential in different physiological states. Multispecies biofilms grown in CEMS were exposed to aminoglycosides under various environmental conditions (e.g. nutrient and pH variations). Multispecies biofilms were most susceptible to high-dose streptomycin exposures when grown for less than 48 hours (young biofilm). However, carbon addition to the antibiotic medium decreased young biofilm susceptibility to streptomycin. Furthermore, young biofilms were susceptible to 4000 mg/1doses of streptomycin and gentamicin at pH6.0 and to 4000 mg/1 doses of streptomycin at pH 7.4. Biofilms were least susceptible to the aminoglycosides at neutral pH. Metagenomic analysis on the multispecies biofilms revealed the presence of aminoglycoside-modifying enzymes and that the cultures contained Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia strains. The dominant strain in planktonic cultures was P.aeruginosa. However, in complex growth medium, S. maltophilia increased in proportion upon biofilm development and became the dominant species following a high-dose streptomycin exposure. The monitoring of biofilm metabolic responses revealed adding carbon to the antibiotic medium or exposing the biofilms to aminoglycosides at neutral pH reduces biofilm aminoglycoside susceptibility. In addition, metagenomic analysis uncovered community composition and genes that can play a role in biofilm survival to the antibiotics. However, even with the presence of antibiotic resistance genes, carbon and pH play an important role in biofilm survival to high-dose antibiotic exposures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».