Peer Review #2 of "Tissue-specific evaluation of suitable reference genes for RT-qPCR in the pond snail, Lymnaea stagnalis (v0.2)"
Notice bibliographique
Résumé
Reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) is a robust technique for the quantification and comparison of gene expression.To obtain reliable results with this method, one or more reference genes must be employed to normalize expression measurements among treatments or tissue samples.Candidate reference genes must be validated to ensure that they are stable prior to use in qPCR experiments.The pond snail (Lymnaea stagnalis) is a common research organism, particularly in the areas of learning and memory, and is an emerging model for the study of biological asymmetry, biomineralization, and evolution and development.However, no systematic assessment of qPCR reference genes has been performed in this animal.Therefore, the aim of our research was to identify stable reference genes to normalize gene expression data from several commonly studied tissues in L. stagnalis as well as across the entire body.We evaluated a panel of seven reference genes across six different tissues in L. stagnalis with RT-qPCR.The genes included: elongation factor 1-alpha (EF1α), glyceraldehyde-3phosphate dehydrogenase (GAPDH), beta-actin (ACTB), beta-tubulin (TUBB), ubiquitin (UBI), prenylated rab acceptor protein 1 (Rapac1), and a voltage gated potassium channel (VGKC).These genes exhibited a wide range of expression levels among tissues.The tissue-specific stability of each of the genes was consistent when measured by the standard stability assessment algorithms: geNorm, NormFinder, BestKeeper and RefFinder.Our data indicate that the most stable reference genes vary among the tissues that we examined (central nervous system, tentacles, lips, penis, foot, mantle).Our results were generally congruent with those obtained from similar studies in other molluscs.Given that a minimum of two reference genes are recommended for data normalization, we provide suggestions for strong pairs of reference genes for single-and multi-tissue analyses of RT-qPCR data in Lymnaea stagnalis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Autre Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Autre Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,035 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,276 | 0,176 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».