Identification of a Tambjamine Gene Cluster in Streptomyces Reveals Convergent Evolution of the Biosynthetic Pathway
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial natural products are an immensely valuable source of therapeutics. As modern DNA sequencing efforts provide increasing numbers of microbial genomes, it is clear that the molecules produced by most natural product biosynthetic gene clusters (BGCs) remain unknown. Genome mining makes use of bioinformatic techniques to elucidate the natural products produced by these “orphan” BGCs. Here, we report the use of sequence similarity networks (SSNs) and genome neighborhood networks (GNNs) to identify an orphan BGC that is responsible for the production of the antitumor tambjamine BE-18591 in Streptomyces albus NRRL B-2362. Although BE-18591 is a close structural analogue of tambjamine YP1 produced by Pseudoalteromonas tunicata, the biosynthetic routes to produce these molecules differ significantly. Notably, the C12-alkylamine tail that is appended onto the bipyrrole core of tambjamine YP1 is derived from fatty acids siphoned from the primary metabolism of the pseudoalteromonad, whilst the S. albus NRRL B-2362 BGC encodes a dedicated system for the de novo biosynthesis of the alkylamine portion of tambjamine BE-18591. These remarkably different biosynthetic strategies represent a striking example of convergent BGC evolution, with selective pressure for the production of tambjamines seemingly leading to the emergence of separate biosynthetic pathways in pseudoalteromonads and streptomycetes that ultimately produce closely related compounds
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».