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Enregistrement W4243421418 · doi:10.26434/chemrxiv.7580021

Single Crystal Automated Refinement (SCAR): A Data-Driven Method for Solving Inorganic Structures

2019· preprint· en· W4243421418 sur OpenAlexaff
Gayatri Viswanathan, Anton O. Oliynyk, Erin Antono, Julia Ling, Bryce Meredig, Jakoah Brgoch

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueMachine Learning in Materials Science
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCrystal (programming language)Crystal structureCrystallographyAlgorithmSingle crystalChemistryMaterials scienceComputer sciencePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<p>Single crystal diffraction is one of the most common experimental techniques in chemistry for determining a crystal structure. However, the process of crystal structure solution and refinement is not always straightforward. Methods to simplify and rationalize the path to the most optimal crystal structure model have been incorporated into various data processing and crystal structure solution software, with the focus generally on aiding macromolecular or protein structure solution. In this work, we propose a new method that uses single crystal data to solve the crystal structures of inorganic, extended solids called “Single Crystal Automated Refinement (<i>SCAR</i>).” The approach was developed using data mining and machine-learning methods and considers several structural features common in inorganic solids, like atom assignment based on physically reasonable distances, atomic statistical mixing, and crystallographic site deficiency. The output is a tree of possible solutions for the data set with a corresponding fit score indicating the most reasonable crystal structure. Here, the foundation for <i>SCAR</i> is presented followed by the implementation of <i>SCAR</i> to solve two newly synthesized and previously unreported phases, ZrAu<sub>0.5</sub>Os<sub>0.5</sub> and Nd<sub>4</sub>Mn<sub>2</sub>AuGe<sub>4</sub>. The structure solutions are found to be comparable with manually solving the data set, including the same refined mixed occupancies and atomic deficiency, supporting the validity of this automatic structure solution method. The proposed <i>SCAR</i> program is thusly verified to be a fast and reliable assistant in solving even complex single crystal diffraction data for extended inorganic solids.</p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,534
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0040,006
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,334
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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