Identification of Amino Acids Conferring Chain-Length Substrate Specificities on Fatty Alcohol-Forming Reductases FAR5 and FAR8 from Arabidopsis thaliana
Notice bibliographique
Résumé
Fatty alcohols play a variety of biological roles in all kingdoms of life.Fatty acyl reductase (FAR) enzymes catalyze the reduction of fatty acyl-coenzyme A (CoA) or fatty acylacyl carrier protein (ACP) substrates to primary fatty alcohols.FAR enzymes have distinct substrate specificities with regard to chain length and degree of saturation.FAR5 (At3g44550) and FAR8 (At3g44560) from Arabidopsis thaliana are 85% identical at the amino acid level and are of equal length, but possess distinct specificities for 18:0 or 16:0 fatty acyl chain length, respectively.We used Saccharomyces cerevisiae as a heterologous expression system to assess FAR substrate specificity determinants.We identified individual amino acids that affect protein levels or 16:0-CoA versus 18:0-CoA specificity by expressing in yeast FAR5 and FAR8 domainswap chimeras and site-specific mutants.We found that a threonine at position 347 and a serine at position 363 were important for high FAR5 and FAR8 protein accumulation in yeast, and thus are likely important for protein folding and stability.Amino acids at positions 355 and 377 were important for dictating 16:0-CoA versus 18:0-CoA chain length specificity.Simultaneously converting alanine-355 and valine-377 of FAR5 to the corresponding FAR8 residues, leucine and methionine, respectively, nearly fully converted FAR5 specificity from 18:0-CoA to 16:0-CoA.The reciprocal amino acid conversions, L355A and M377V, made in the active FAR8-S363P mutant background converted its specificity from 16:0-CoA to 18:0-CoA.This study is an important advancement in the engineering of highly active FAR proteins with desired specificities for the production of fatty alcohols with significant industrial value.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».