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Enregistrement W4243910563 · doi:10.22541/au.163253223.32597426/v1

International Union of Basic and Clinical Pharmacology. Guidelines for GPCR ligand bias

2021· preprint· en· W4243910563 sur OpenAlexaff
Peter Kolb, Terry Kenakin, S P H Alexander, Marcel Bermúdez, Laura Bohn, Christian S. Breinholt, Michel Bouvier, Frederick J. Ehlert, Stephen J. Hill, Kirill A. Martemyanov, Richard D Neubig, H. Ongun Onaran, Sudar Rajagopal, Bryan L. Roth, Jana Selent, Arun K. Shukla, M. Sommer, David E. Gloriam

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTerminologyG protein-coupled receptorFunctional selectivityReceptorDrug discoverySignal transductionLigand (biochemistry)Computational biologyNeurosciencePharmacologyBiologyData scienceBioinformaticsComputer scienceCell biologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

G protein-coupled receptors modulate a plethora of physiological processes and mediate the effects of one-third of FDA-approved drugs. Notably, depending on which ligand has activated a particular receptor, it can engage different intracellular transducers. This paradigm of ligand-dependent ‘biased signaling’ dictates a need to advance beyond the level of receptors to consider the combined ligand-receptor pair in order to understand physiological signaling. Bias signaling also has the potential to improve medicines by reducing adverse effects. However, this is challenged by inconsistent interpretation of results and lack of commonly agreed guidelines. Here, we present recommended terminology and guidelines to conduct, report and quantify bias in a comparable and reproducible fashion. We expect these recommendations will facilitate a common understanding of experiments and findings across basic receptor research and drug discovery, while the area and the analytical methods to measure bias are still evolving, especially in complex cellular, tissue and organismal systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,042
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,072
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,042
Score d'incertitude au seuil0,224

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0420,072
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,003
Bibliométrie0,0050,007
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0060,004
Science ouverte0,0070,004
Intégrité de la recherche0,0120,018
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0340,056

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,122
Tête enseignante GPT0,414
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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