P.048 Characterization of somatic mutations in mTOR pathway genes in focal cortical dysplasias
Notice bibliographique
Résumé
Background: Focal cortical dysplasias (FCDs) are congenital structural abnormalities of the brain, and represent the most common cause of medication-resistant focal epilepsy in children and adults. Recent studies have shown that somatic mutations (i.e. mutations arising in the embryo) in mTOR pathway genes underlie some FCD cases. Specific therapies targeting the mTOR pathway are available. However, testing for somatic mTOR pathway mutations in FCD tissue is not performed on a clinical basis, and the contribution of such mutations to the pathogenesis of FCD remains unknown. Aim: To investigate the feasibility of screening for somatic mutations in resected FCD tissue and determine the proportion and spatial distribution of FCDs which are due to low-level somatic mTOR pathway mutations. Methods: We performed ultra-deep sequencing of 13 mTOR pathway genes using a custom HaloPlexHS target enrichment kit (Agilent Technologies) in 16 resected histologically-confirmed FCD specimens. Results: We identified causal variants in 62.5% (10/16) of patients at an alternate allele frequency of 0.75–33.7%. The spatial mutation frequency correlated with the FCD lesion’s size and severity. Conclusions: Screening FCD tissue using a custom panel results in a high yield, and should be considered clinically given the important potential implications regarding surgical resection, medical management and genetic counselling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».