Abstract A2-61: Functional enrichment and pathway analysis of the transcriptome related to lymphovascular invasion and recurrence in axillary-node negative breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We previously reported that the presence of Lymphovascular invasion (LVI) is an independent predictor of recurrence in axillary node-negative breast cancer (ANNBC). We produced a unique set of gene expression microarrays specifically designed to identify genes with altered expression in LVI+ tumors (n= 37) compared to LVI- tumors (n = 68). We further examined expression differences in a second analysis designed to discover, within LVI+ tumors alone, clinically relevant genes involved in early recurrence (n = 4, smaller than 4 years) vs. no recurrence for at least 10 years (n = 41). To identify genes and pathways involved in LVI and recurrence in ANNBC, we performed a functional analysis of the expression data. We used the publicly available database tool via WebGestalt to perform a web-based enrichment analysis including Gene ontology, KEGG and the Cytogenetic band. In parallel, using Ingenuity pathway® (IPA), we identified networks, upstream regulators and canonical pathways. IPA provides the probability that the association between the genes in the dataset and the canonical pathways could be explained by chance alone through a right-tailed Fisher's exact test p-value. IPA use a z-score algorithm for predicting activation which reduces the chance that random data will generate significant predictions. In LVI+ vs LVI- analysis, the top IPA activated biofunctions are related to proliferation and migration. In LVI+REC+ vs LVI+REC- analysis, they are related to cell survival and migration as well as lipid synthesis and metabolism. The subset of genes identified in both comparisons include those involved in polarization of cells, oxidation of lipids, cellular homeostasis and growth of the lymphatic system component, with decreased cell death and apoptosis biofunctions. Our bioinformatics analyses are consistent with a migratory phenotype for cancer cells associated with LVI. In addition, we observed that inflammation related pathways are enriched in the LVI+ subgroup that undergoes early recurrence. In the upstream regulator IPA analysis, TGFb NFKb and PI3K are involved in the LVI+ in respect to LVI tumors as well as in LVI+REC+ tumors in respect to LVI+REC- tumors. The results suggest important pathways as well as upstream regulators associated with LVI and recurrence that are involved in invasion and cell fate biofunctions. The findings are currently being evaluated through mRNA and protein validation as well as functional studies. Citation Format: Mathieu Blais, Shelley B. Bull, Dushanthi Pinnaduwage, Irene L. Andrulis. Functional enrichment and pathway analysis of the transcriptome related to lymphovascular invasion and recurrence in axillary-node negative breast cancer. [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Translation of the Cancer Genome; Feb 7-9, 2015; San Francisco, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(22 Suppl 1):Abstract nr A2-61.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».