Peer Review #2 of "Characterization of the first vaginal Lactobacillus crispatus genomes isolated in Brazil (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Background.Lactobacillus crispatus is the dominant species in the vaginal microbiota associated with health and considered a homeostasis biomarker.Interestingly, some strains are even used as probiotics.However, the genetic mechanisms of L. crispatus involved in the control of the vaginal microbiome and protection against bacterial vaginosis (BV) are not entirely known.To further investigate these mechanisms, we sequenced and characterized the first four L. crispatus genomes from vaginal samples from Brazilian women and used genome-wide association study (GWAS) and comparative analyses to identify genetic mechanisms involved in healthy or BV conditions and selective pressures acting in the vaginal microbiome.Methods.The four genomes were sequenced, assembled using ten different strategies and automatically annotated.The functional characterization was performed by bioinformatics tools comparing with known probiotic strains.Moreover, it was selected one representative strain (L.crispatus CRI4) for in vitro detection of phages by electron microscopy.Evolutionary analysis, including phylogeny, GWAS and positive selection were performed using 46 public genomes strains representing health and BV conditions.Results.Genes involved in probiotic effects such as lactic acid production, hydrogen peroxide, bacteriocins, and adhesin were identified.Three hemolysins and putrescine production were predicted, although these features are also present in other probiotic strains.The four genomes presented no plasmids, but 14 known families insertion sequences and several prophages were detected.However, none of the mobile genetic elements contained antimicrobial resistance genes.The genomes harbor a CRISPR-Cas subtype II-A system that is probably inactivated due to fragmentation of the genes csn2 and cas9.No genomic feature was associated with a health condition, perhaps due to its multifactorial characteristic.Five genes were identified as under positive selection, but the selective pressure remains to be discovered.In conclusion, the Brazilian strains investigated in this study present potential protective properties, although in vitro and in vivo studies are required to confirm their efficacy and safety to be considered for human use.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Autre Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Commentaire Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Sans objet | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,051 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,287 | 0,156 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».