Association of DNAse sensitive chromatin domains with the nuclear periphery in 3T3 cells in vitro
Notice bibliographique
Résumé
DNAse sensitive chromatin, putative transcriptionally competent sequences, exists either as pan-nuclear speckles in cells with nuclei which exhibit a flat geometry, or as a shell apposed to the nuclear envelope in cells with spheroidal nuclei. To test the hypothesis that DNAse sensitive chromatin is similarly associated with the nuclear periphery in cell types with a very flat geometry such as 3T3 fibroblasts, cells were subjected to hypotonic expansion to change their nuclei from a flat ellipsoid to a spheriod. This was based on the assumption that such a spatial association is not resolvable due to the interdigitation at the nuclear midplane of DNAse sensitive chromatin associated with the upper and lower nuclear surfaces. In situ nick translation was used to visualize the distribution of DNAse sensitive chromatin as a function of nuclear geometry. Both unexpanded and expanded cells exhibit DNAse sensitive chromatin as a dome at the apical side of the nucleus, i.e., that aspect of the cell facing the culture medium. The results argue for a polarized association of DNAse sensitive chromatin with the nuclear envelope and indicate that the nuclear periphery may function as a compartment for the spatial coupling of transcription and nucleo-cytoplasmic transport. Key words: nuclear organization, DNAse sensitive chromatin, hypotonic expansion, 3T3 cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».