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Enregistrement W4245474533 · doi:10.32920/ryerson.14638659

The effects of Mitogenic and Metabolic cues on clathrin-mediated endocytosis

2021· preprint· en· W4245474533 sur OpenAlexaff
Ralph Christian Delos Santos

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensToronto Metropolitan University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInternalizationEndocytosisCell biologyBiologyClathrinCalcium signalingCell growthCellSignal transductionBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The cell ‘surfaceome’ collectively describes proteins found on the plasma membrane (PM), which functions in fundamental cellular processes including growth and proliferation. The surfaceome undergoes dynamic remodeling via the addition/removal of surface proteins in response to changing environmental conditions. In mammalian cells, surfaceome remodeling is predominantly facilitated by clathrin-mediated endocytosis (CME) which involves the invagination and internalization of PM regions via clathrin-coated structures—removing proteins from the cell surface. As a major regulator of the surfaceome, it is important to understand the underlying mechanisms governing CME, given that its dysregulation has been implicated in human pathologies including neurologic and oncogenic disorders. Cellular cues including mitogenic (e.g. growth factors) and metabolic signals (e.g. cellular energy levels) induce diverse cellular processes (e.g. growth and proliferation) requiring surfaceome/PM remodeling. Precisely how mitogenic and metabolic signals may induce surfaceome remodeling however, is under-examined. As a major regulator of the surfaceome, CME is a likely mechanism through which cellular cues may remodel the PM. Poorly understood, I thus sought to investigate how mitogenic and metabolic signals may regulate CME. Mitogenic signaling by the epidermal growth factor receptor (EGFR) triggers PLCγ1-calcium signals, which I found a requirement for CME of EGFR—likely via calcium control of the Sjn1 protein. Consistently, using TIRF-M imaging coupled to automated software analysis, I demonstrate that inhibition of PLCγ1-calcium signals impairs the formation/assembly of GFR-containing clathrin structures. In addition, I hypothesize that PLCγ1-calcium signals also regulates the CME of other surface proteins given its robust control of Sjn1—which localizes broadly amongst clathrin-coated structures. AMPK is a cellular energy sensor activated by metabolic stress (e.g. starvation). Using TIRF-M imaging coupled to automated software analysis, I found that AMPK activation broadly reduces the formation/assembly of bona fide clathrin-coated pits, without impairing the internalization rates of CME cargoes (e.g. EGFR, TfR and β1-integrin). Furthermore, I found that AMPK may regulate CME throughcontrol of the Arf6 protein. Collectively, my findings uncover and provide novel mechanisms by which mitogenic (via EGFR-induced calcium signals) and metabolic signals (via AMPK control of Arf6) may induce regulation of CME—in eliciting global reorganization of the plasma membrane. 1,2,11–13,3–10

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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