Notice bibliographique
Résumé
Introduction:We have previously identified using RNA micro-array a set of genes that were upregulated in aggressive renal cell carcinoma RCC cell lines.These genes included a subset belonging to the Fanconi Anemia pathway, a DNA repair pathway.Through preliminary elimination, FANCD2 was identified as the most significant of these genes and was further characterized for its role in RCC. Material and Methods:The expression of FANCD2 RNA was assessed in praffin imbedded and fresh frozen (RCC) samples.Imune Staining of FANCD2 has been carried out for protein expression on a TMA that includes clear cell, non clear cell RCC, and normal adjacent tissue.A knock down in vitro model for FANCD2 was created using 786-0±VHL and RCC4±VHL cell lines.Western blotting for various components of the VHL pathway was carried out comparing knock down to wild type.Proliferation, branching and invasion were compared between knock down to wild type.Similarly an in vivo assay using nude mice is being carried out for tumour formation using the two cell lines.Results: FANCD2 RNA expression is significantly increased in clear cell RCC versus normal tissue (p=0.01) but not in non-clear cell RCC versus normal (p>0.05) in paraffin imbedded samples.The same is true for fresh frozen samples (p=0.04 and p>0.05 respectively).There was no difference between FANCD2 knock down cell lines and Wild type with respect to the expression of VHL pathway components (including EGFR, TGFα and VEGF).TMA immunohistochemistry is in the prossess of being scored.FANCD2 expression does not affect proliferation rate.In contrast, FANCD2 knock down highly increases branching and invasion in VHL deficient cell lines.Conclusion: Our results suggest that FANCD2 may play a protective role in RCC that seems independent of the VHL pathway.A VHL mutation may lead to increased FANCD2 expression to accelerate DNA repair.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,851 | 0,706 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».