The diverse genomic landscape of low-risk prostate cancer.
Notice bibliographique
Résumé
72 Background: Active surveillance (AS) is becoming standard of care for men with low-risk prostate cancer; however a need exists for better tools to assess which men are optimal candidates for AS. In this study we compare genomic expression profiles of AS candidates against higher-risk radical prostatectomy (RP) patients to characterize the genomics of clinically low-risk prostate cancer. Methods: Biopsies from 473 UCSF patients potentially suitable for AS (stage ≤ cT2N0M0, PSA ≤ 10 ng/ml, Gleason 3+3 or low-volume 3+4 ) were profiled using the Affymetrix HuEx microarray to generate RNA expression data. These cases were compared to 2043 RP cases previously profiled on the same microarray platform. Scores for 21 published prognostic signatures were calculated and pathway associated genes were summarized to provide levels of patient risk and pathway activity. Results: Of the 473 AS biopsies profiled, 408 (86%) passed quality control and were used for analysis. Based on the quartiles of average scores for 21 prognostic signature risk models, 49%, 36%, 11%, and 4%, respectively, were classified into the 1st, 2nd, 3rd, or 4th score quartiles. Considering only the clinically low-risk patients at diagnosis, 356 (87%) were low, 45 (11%) were intermediate and 7 (2%) were high risk. Genomic risk was positively associated with cell cycle related pathways (p < 0.001) and negatively associated with apical junction (p < 0.001), epithelial−mesenchymal transition (p < 0.001), and androgen receptor (p < 0.05) pathways. Clustering of patients based on the expression of 36 pathways revealed two biologic groups corresponding to putative basal and luminal subtypes. Compared to higher risk RP patients, the low risk prostate cancer tumors at diagnosis were enriched for basal-like tumors (20% vs 33%, p < 0.001). Conclusions: Although only 2% of low risk AS candidates have high risk genomic characteristics, very substantial genomic heterogeneity exists in this population, and pathway activation overlaps significantly with higher-risk RP patients. These results suggest that even in potential AS candidates, genomic profiling could eventually be used to better guide management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
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| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | medium |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».