A genome-wide association study identifies single nucleotide polymorphisms associated with time-to-metastasis in colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
Background Differentiating between cancer patients who will experience metastasis within a short time and who will be long-term survivors without metastasis is a critical aim in healthcare. The microsatellite instability (MSI)-high tumor phenotype is such a differentiator in colorectal cancer, as patients with these tumors are unlikely to experience metastasis. Our aim in this study was to determine if germline genetic variations could further differentiate colorectal cancer patients based on the long-term risk and timing of metastasis. Methods The patient cohort consisted of 379 stage I-III Caucasian colorectal cancer patients with microsatellite stable or MSI-low tumors. We performed univariable analysis on 810,622 common single nucleotide polymorphisms (SNPs) under different genetic models. Depending on the long-term metastasis-free survival probability estimates, we applied a mixture cure model, Cox proportional hazards regression model, or log-rank test. For SNPs reaching Bonferroni-corrected significance (p < 6.2 × 10− 8) having valid genetic models, multivariable analysis adjusting for significant baseline characteristics was conducted. Results After adjusting for significant baseline characteristics, specific genotypes of ten polymorphisms were significantly associated with time-to-metastasis. These polymorphisms are three intergenic SNPs, rs5749032 (p = 1.28 × 10− 10), rs2327990 (p = 9.59 × 10− 10), rs1145724 (p = 3 × 10− 8), and seven SNPs within the non-coding sequences of three genes: FHIT (p = 2.59 × 10− 9), EPHB1 (p = 8.23 × 10− 9), and MIR7515 (p = 4.87 × 10− 8). Conclusions Our results suggest novel associations of specific genotypes of SNPs with early metastasis in Caucasian colorectal cancer patients. These associations, once replicated in other patient cohorts, could assist in the development of personalized treatment strategies for colorectal cancer patients.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».