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Enregistrement W4246523205 · doi:10.1096/fasebj.2021.35.s1.00027

Structure of the Alternative Complex III from <i>Flavobacterium johnsoniae</i> in a Supercomplex with Cytochrome <i>c</i> Oxidase

2021· article· en· W4246523205 sur OpenAlexfundno aff
Robert B. Gennis

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhotosynthetic Processes and Mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthSimons Foundation
Mots-clésProtein subunitCoenzyme Q – cytochrome c reductaseCytochrome c oxidaseChemistryElectron Transport Complex IVCytochromeBiochemistryOxidase testCytochrome cStereochemistryCysteineCrystallographyEnzymeMitochondrion

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Alternative Complex III (ACIII), like Complex III, catalyzes the oxidation of membrane‐bound quinol and reduction of cytochrome c , but is structurally unrelated to Complex III. We solubilized the ACIII directly from membranes of Flavobacterium johnsoniae using styrene maleic acid (SMA) copolymer in the absence of traditional detergents. The ACIII was isolated as a functional 1:1 supercomplex with an aa 3 ‐type cytochrome c oxidase (cyt aa 3 ) within SMA copolymer nanodiscs. We determined the structure of the ACIII component of the supercomplex to 3.4 Å resolution by cryo‐EM and constructed an atomic model for its six subunits, two of which are anchored to the lipid bilayer with N‐terminal triacylated cysteine residues, resolved here for the first time. The structure also contains a [3Fe‐4S] cluster, a [4Fe‐4S] cluster, and six hemes c along with 11 phospholipid molecules. The ACIII is in direct contact with subunit III of the cyt aa 3 component of the supercomplex. The structure revealed that this subunit is structurally modified from the canonical form of subunit III to facilitate association with ACIII, suggesting a specific role of the supercomplex in the respiratory system of this bacterium.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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