Peer Review #1 of "Unfolding of α-helical 20-residue poly-glutamic acid analyzed by multiple runs of canonical molecular dynamics simulations (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Elucidating the molecular mechanism of helix-coil transitions of short peptides is a longstanding conundrum in physical chemistry.Although the helix-coil transitions of polyglutamic acid (PGA) have been extensively studied, the molecular details of its unfolding process still remain unclear.We performed all-atom canonical molecular dynamics (MD) simulations for a 20-residue PGA, over a total of 19 μs, in order to investigate its helixunfolding processes in atomic resolution.Among the 28 simulations, starting with the αhelical conformation, all showed an unfolding process triggered by the unwinding of terminal residues, rather than by kinking and unwinding of the middle region of the chain.The helix-coil-helix conformation which is speculated by the previous experiments was not observed.Upon comparison between the N-and C-termini, the latter tended to be unstable and easily unfolded.While the probabilities of helix elongation were almost the same among the N-terminal, middle, and C-terminal regions of the chain, unwinding of the helix was enriched at the C-terminal region.The turn and 3 10 -helix conformations were kinetic intermediates in the formation and deformation of α-helix, consistent with the previous computational studies for Ala-based peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,051 | 0,020 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».