Microsatellite Variation in Mountain Pine Beetle ( Dendroctonus ponderosae Hopkins) in Western Canada: Spatial Genetic Analyses of Neutral Variation and Development of Genic Markers.
Notice bibliographique
Résumé
The mountain pine beetle (MPB), Dendroctonus ponderosae Hopkins, is the most destructive pest of pine forests in western North America. In this study genetic variation of MPB in western Canada was explored both at neutral genomic and gene-linked microsatellite markers. To understand the spatial genetic structure and dispersal patterns, beetles from 49 sampling locations throughout western Canada were analyzed at 13 neutral microsatellite loci. The MPB exhibits significant north-south population structure in western Canada. The decline of genetic diversity from south to north and the lack of isolation by distance in the northernmost cluster are consistent with patterns expected from postglacial recolonization. In terms of dispersal patterns, northern outbreaks are consistent with an expansion out of Tweedsmuir Provincial Park, an early site of infestation in the current epidemic, while southern outbreaks are consistent with multiple centers of origin. To explore the gene-linked variation in the MPB genome, a panel of gene-linked markers was developed by screening an EST database of MPB. Fifty of 79 EST-derived markers developed were found to be polymorphic. A preliminary survey of five EST-derived microsatellite markers show evidence of selection at two loci. The genetic variation at another three loci was comparable with the genetic variation at neutral microsatellite markers. This study showed that the use of EST-derived microsatellites is a promising approach for identifying signatures of selection. Further, the new markers developed will be useful in constructing linkage maps and in performing genome scans and further landscape-scale genomic studies in both MPB and other related bark beetles. --P. ii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».