Peer Review #1 of "Identification of genes and gene expression associated with dispersal capacity in the mountain pine beetle, Dendroctonus ponderosae Hopkins (Coleoptera: Curculionidae) (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Dispersal flights by the mountain pine beetle have allowed range expansion and major damage to pine stands in western Canada.We asked what the genetic and transcriptional basis of mountain pine beetle dispersal capacity is.Using flight mills, RNA-seq and a targeted association study, we compared strong-flying, weak-flying, and non-flying female beetles from the recently colonized northern end of their range.Nearly 3000 genes were differentially expressed between strong and weak flying beetles, while weak fliers and nonfliers did not significantly differ.The differentially expressed genes were mainly associated with lipid metabolism, muscle maintenance, oxidative stress response, detoxification, endocrine function, and flight behavior.Three variant loci in the coding regions of genes were significantly associated with flight capacity but these genes had no known functional link to flight.Several differentially expressed gene systems may be important for sustained flight, while other systems are downregulated during dispersal and likely to conserve energy before host colonization.The candidate genes and SNPs identified here will inform further studies and management of mountain pine beetle, as well as contribute to understanding the mechanisms of insect dispersal flights.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,062 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,333 | 0,212 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».