Biology of Three ICE Families: SXT/R391, ICE<i>Bs1</i>, and ICE<i>St1</i>/ICE<i>St3</i>
Notice bibliographique
Résumé
In the early 1980s, conjugative transposons were defined as large DNA segments of bacterial chromosomes capable of “intercellular transposition,” i.e., fragments able to move from the chromosome of a donor bacterium to the chromosome of a recipient bacterium during cell-to-cell contact. All these mobile genetic elements were found in pathogenic low GC Gram-positive bacteria, conferred antibiotic resistance properties, and were often capable of integrating into a large array of different sites (for review, see references 1,2,3,4). Characterization of the molecular mechanism allowing integration into and excision from the chromosome revealed that conjugative transposons such as Tn 916 do not encode a DDE transposase, but rather a site-specific tyrosine recombinase. Fundamental differences in the molecular mechanism of DNA strand exchanges catalyzed by transposases and site-specific tyrosine recombinases, and subsequent identification of conjugative mobile elements integrating into a unique site of the bacterial chromosome in both Gram-positive and Gram-negative bacteria exposed the inadequacy of the naming “conjugative transposons.” In fact, at the time the confusion in the scientific community was such that, in some instances, related elements were mislabeled as conjugative plasmids, R factors, or integrating conjugative plasmids (5). Two nomenclatures proposed to replace the obsolete term by a more adequate nomenclature: constin, an acronym that stands for conjugative, self-transmissible, integrating element, and ICE, an acronym for integrative and conjugative element (5,6). Over the years the term ICE gained a broader acceptance among many authors to describe elements found in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, so this term is used hereafter instead of conjugative transposon.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».