Investigation of The Dimer Interface and Active Site in Pyridoxal 5' Phosphate Enzymes Cystathionine B- Lyase and Cystathionine y- Lyase
Notice bibliographique
Résumé
Cystathionine β-lyase (CBL) catalyses the PLP-dependent β-elimination of cystathionine, yielding homocysteine, pyruvate and ammonia, while the γ-elimination of this pseudosymmetric substrate by cystathionine γ-lyase (CGL) produces cysteine, α-ketobutyrate and ammonia.The distinct β versus γ-elimination reaction specificity of the structurally conserved eCBL and yCGL enzymes provides an ideal system to probe the subtle factors that regulate activity and specificity.Studies exploring these factors will enable the continued development of our understanding of the mechanisms whereby PLP-dependent enzymes regulate substrate and reaction specificity, building a framework that will facilitate future studies aiming to engineer these enzymes to harness the power of this catalytically versatile cofactor for use in various industrial processes.Comparison of the structures of Escherichia coli CBL (eCBL) and Saccharomyces cerevisiae CGL (yCGL) identified differences at the dimer interface and within the active site.The effect of substitutions at these positions on enzyme properties is explored in chapters 2 and 3 of this thesis, respectively, as a precursor to studies probing their potential role as determinants of reaction specificity.Charge-reversal substitutions of the four residues involved in the K5-D382 and K17-D37 salt-bridges, which span the dimer interface of eCBL, were constructed and their effect on enzyme stability and activity determined.Single and double charge-reversal substitutions similarly reduce the catalytic efficiency by 11-21-fold, despite the greater effect of the former on the stability of the enzyme.This demonstrates that while even small conformational changes in this region are conveyed to the active site, the distinct dimer interfaces of eCBL and yCGL are unlikely to be a primary determinant of specificity.The potential of active-site residues S50 and S200 of yCGL to influence the positioning of the εamino group of the catalytic base was also explored, via characterization of the S50A, S50G and My journey as a Masters student at Carleton University has been an enlightening, educative and inspirational one, I thank God for allowing me this privilege.As behind every great student there is an even better teacher, special thanks go to my supervisor Dr. Susan M. Aitken, who was my guide through graduate school and a great guide at that.I appreciate her giving me the opportunity to
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».