Characterization of new fungal carbohydrate esterase family 1 proteins leads to the discovery of two novel dual feruloyl/acetyl xylan esterases
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Feruloyl esterases (FAEs) and acetyl xylan esterases (AXEs) are important accessory enzymes in the deconstruction of plant biomass. Carbohydrate Esterase family 1 (CE1) of the Carbohydrate-Active enZymes database contains both fungal FAEs and AXEs, sharing a high amino acid sequence similarity, even though they target different structural molecules on plant cell wall polysaccharides. Results We recently classified fungal CE1 into five subfamilies (CE1_SF1-5). In this study, ten novel fungal CE1 enzymes from different subfamilies were heterologously produced in Aspergillus niger and characterized to gain insight on relationships among these esterases. The enzymes from CE1_SF1 possess AXE activity, as they hydrolyzed p NP-acetate and released acetic acid from wheat arabinoxylan, but were not active towards FAE substrates. CE1_SF5 showed FAE activity as they hydrolyzed methyl ferulate and other FAE related substrates, and release ferulic acid from wheat arabinoxylan. These FAEs preferred feruloylated arabinoxylan over pectin. Two CE1_SF2, sharing over 70% amino acid sequence identity, possessed the opposite activity. Interestingly, one enzyme from CE1_SF1 and one from CE1_SF5 possess dual feruloyl/acetyl xylan esterase (FXE) activity. These dual activity enzymes showed expansion of substrate specificity. Conclusions The new FXEs from CE1 can efficiently release both ferulic acid and acetic acid from feruloylated xylan, making them particularly interesting novel components of industrial enzyme cocktails for plant biomass degradation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».