Profiling microRNA expression in the developing hippocampus of high responder and low responder rats
Notice bibliographique
Résumé
Sprague-Dawlcy rats display variability in their locomotor response lo a novel environment, leading lo classification as High or Low Responders (HR or LR).HRs also display enhanced neuroendocrine stress reactivity compared lo LRs.Previous work demonstrates that Ihe hippocampus, which plays an important role in the hypoihalamicpituitary-adrcnal (HPA) axis stress response, exhibits differential mRNA expression early in postnatal development between selectively bred HRs and LRs.This thesis extends this work by examining expression patterns of microRNA, endogenous ~ 22-nucleotide single-stranded RNA molecules that regulate gene expression by targeting specificmRNAs for translational repression and/or degradation.This thesis develops a custom miRNA microarray platform to test the hypothesis that differences in hippoeampal miRNA expression will be present in a pattern similar lo mRNA expression profiles.These data demonslrale lhai the custom miRNA microarrays detect differences in miRNA expression between postnatal days (PND) 7. 14, and 21.Furthermore, a subset of microRNAs are differentially expressed between HRs and LRs at PND 14. and 21.Reducing Spot "Donuting" 37 2.5b NCode MicroRNA Labeling System Test Chips 39 Evaluation of Hybridization Chambers 39 Evaluation of NCode Control Spike-In Concentration 40 2.6 Printing the Experimental Microarrays 42 2.6a Description and Positioning of miRNA l*robes and Control Spots 42 2.6b Creating the Source Plates 44 2,6c Printing the Microarrays 45 2.7 MicroRNA and total RNA Isolation 45 2.7a MicroRNA Isolation 46 2.7b Total RNA Isolation 47 2.8 Assessment of RNA Quality and Quantity 47 2.9 Pre-soaking and Pre-hybridizingthe Microarrays 48 2.10 Overview of the Labelling Procedure 49 2.10a Polyadenylation of miRNA 49 2.10b Ligation of Alexa Fluor Dye Molecules 49 2.10c Hybridization Procedure 50 2.10*1 Array Wash Procedure 51 2.10c Microarray Scanning 52 2.11 Image and Statistical Analyses 54 2.11 a Overview of Analyses 54 2.1 lb ImaGene Image Analysis 54 2.11c Evaluating Grid-to-Grid Variation 55 2.1 Id Determining Presence/Absence of Signal 55 2.1 le Microarray Data Normalization 56 Within-Array Normalization 56 Between-Array Normalization 2.1 If Principal Components Analysis Identifying Outliers Evaluation Batch Effects v List of Abbreviations and Acronyms 5-IIIAA -5-hydroxyindoleacetic acid 5-IITl A -5-hydroxytryptamine 1A ACTH -adrenocorticotropic hormone AGO -Argonautc ATP -adenosine triphosphate BDNF -brain-derived neurotrophic factor BSA -bovine serum albumin CCR4 -chemokine (C-C motif) receptor 4 CDC42 -cell division cycle 42 CNS -central nervous system COXIV -cytochrome c oxidase CREB -cAMP response element-binding protein CRH -corticoirophin releasing hormone CTDSPI ("I'D (carboxy-terminal domain) small phosphatase 1 CTGF -connective tissue growth factor DCP1 decapping protein 1 1 >CP2 decapping protein 2 DDT dithiothreitol DKCP -dicihylpyrocarbonate DOPAC -3.4-dihyroxy-phenylaeetic acid EDTA elhylcncdiarninclelraacctic acid clE4E -cukaryolic Iranslalion initiation factor 4E cTF6 -cukaryolic translation initiation factor 6 EMRP -fragilc-X mental retardation protein GAL gene array list GIL/, -glucocorticoid-induced leucine zipper GR glucocorticoid receptor HPA -hypothalamic-pituitary-adrenal HR high responder HVA -homovanillic acid LC-NF.locus coeruleus-norepineplirine Limkl -LIM-domain kinase 1 I .R -low responder McCP2 methyl CpG-binding protein 2 MID -Middle (domain) miRNA -microRNA MR -mincralocorticoid receptor mRNA -messenger RNA NE -norepinephrine NOTl -negative regulator of transcription 1 P bodies -processing bodies PAZ -Piwi-Argonaute-Zwille (domain) PCA -principal components analysis PCR -polymerase chain reaction XI V .-•PFC -prefrontal cortex Pilx3 -paired-like homeodomain transcription factor 3 Pmp22 -peripheral myelin protein 22 PMT -photomultiplier tube PND -postnatal day Pre-miRNA -precursor microRNA Pri-miRNA -primary microRNA PVN paraventricular nucleus REST -REl-silencing transcription factor RISC -RNA-induced silencing complex RNAi -RNA interference RQ1 -RNA quality indicator SAM -significance analysis of microarrays SCP1 -sarcoplasmic calcium-binding protein 1 SDS -sodium dodecyl sulphate siRNA -short interfering RNA SSC -saline sodium citrate SSS -sensation seeking scale TBE -tris-borate-EDTA L'TR -untranslated region XRNI -exoribonuc lease enzyme 1 xii X -1
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».